A Sé Nova, próximo da Universidade de Coimbra ou do Colégio das Onze Mil Virgens (vulgarmente designado de Sé Nova) é de origem Jesuíta, e onde os seus clérigos se haviam instalado em Coimbra em 1541.
A Igreja foi projectada pelo arquitecto oficial dos jesuítas no final do século XVI, Baltazar Álvares que inspirou-se na igreja do Mosteiro de São Vicente de Fora de Lisboa.
A 7 de Agosto de 1598 foi lançada a primeira pedra pelo bispo D. Afonso Castelo Branco a qual viria a ser a Igreja do Colégio da Companhia de Jesus, a sua construção foi lenta e somente em 1 de Janeiro 1640 se dá a sagração iniciando-se o culto tendo sido inaugurada como templo só em 1698.
Em 1759 a Igreja foi abandonada pelos Jesuítas, durante o governo do Marquês de Pombal.
No ano de 1772 o Vigário Capitular D. Francisco de Lopes Pereira Coutinho argumenta junto do rei D. José que dado a Igreja do Colégio da Companhia de Jesus estar abandonada, e sendo a velha Sé Românica demasiado pequena para acolher a corporação capitular e o grande número de Cónegos, bem como para as funções litúrgicas.
No dia 19 de Outubro de 1772 fez-se a transferência jurídica da Sé Velha para Igreja do Colégio da Companhia de Jesus passando então a chamar-se Sé Nova.
O templo começou a ser construído em 1598 com projeto do arquiteto oficial dos jesuítas de Portugal Baltazar Álvares influenciado pela igreja do Mosteiro de São Vicente de Fora em Lisboa.
As obras desenvolveram-se com lentidão, e o culto somente se iniciou em 1640, e sendo o templo inaugurado apenas em 1698.
No ano de 1759, os Jesuítas foram banidos de Portugal pelo Marquês de Pombal, e em 1772 a sede episcopal de Coimbra foi transferida para o colégio ser maior e poder albergar mais pessoas.
A fachada da igreja é marcada por fortes e simples linhas e possui quatro estátuas de santos jesuítas.
A parte superior da fachada terminada só no século XVIII tem decoração barroca e contrasta com as partes inferiores em estilo maneirista.
A fachada do ponto de vista arquitectónico comporta duas correntes, a parte inferior é marcadamente maneirista de fortes linhas e de onde se destacam quatro estátuas de santos jesuítas (Santo Inácio, S. Luís Gonzaga, S. Francisco Xavier e S. Francisco de Borja).
No século XVII a parte superior é finalmente concluída em estilo de arquitetura barroca da qual se destacam as armas da nação e dois santos com o dobro do tamanho natural (S. Pedro e S. Paulo), a fim de harmonizar as diferenças de largura entre as partes superior e inferior.
O interior é constituído por uma nave única abobadada, com capelas laterais que se comunicam entre si (capela da Pia Baptismal, capela da Ressurreição, capela de S. Tomás de Vilanova, capela do Sacramento, capela de Santo António, capela de Santo Inácio e capela da Vida da Virgem), transepto com cúpula e lanternim, culminando no topo norte com a capela-mor.
A decoração da igreja da Sé Nova de Coimbra é dominada pelos enormes e magníficos retábulos de talha dourada da capela-mor dos finais do século XVII onde se destacam uma coluna de cada lado e quatro nichos que guardam as imagens de outros quatro santos (Santo Inácio, S. Francisco de Borja, S. Francisco Xavier, Santo Estanislau Kostka).
No transepto existem outros dois retábulos em talha dourada um do lado este e outro do lado oeste.
No início do século XVIII vindos da Velha Sé Românica destacam-se o cadeiral da capela-mor em madeira exótica e bronze com duas telas de Manuel da Silva, e a pia baptismal esculpida em estilo gótico por Pero e Felipe Henriques.
Na parte lateral existem grades de madeira exótica com balaústres torneados ou espiralados com bronzes recortadas que delimitam as capelas laterais, e em algumas paredes existem azulejos policromos.
