O Santuário ergue-se ao fundo de um espaçoso terreiro, num plano superior, e o acesso ao interior faz-se por uma escadaria semi-circular passando-se pelos alpendres.
No Lado de cada fachada estende-se um corpo de edifícios de dois pisos, e transposto o pórtico entra-se na igreja de uma só nave em forma de cruz latina medindo 42 m de comprimento por 10 de largo.
No corpo da igreja iluminado por oito janelas, e com cobertura semi-cilíndrica de madeira apainelada existem quatro altares de talha dourada (1756), e dois púlpitos da mesma época. (“apainelada” - um ornamento tradicionalmente aplicado sobre painel de gesso ou madeira)
À entrada, sustentado por colunas dóricas caneladas ergue-se o coro alto com um órgão no centro.
Acede-se ao cruzeiro coberto por uma cúpula de pedra com lanternim por um grande arco encimado pelas armas reais.
Em cada braço do transepto coberto por abóbada de pedra, existe um altar, estando as paredes dos topos cobertas por azulejos holandeses que adornam as paredes de alto a baixo como tapeçarias.
No braço direito os painéis descrevem cenas da vida de David, e a esquerda mostram episódios da vida de José, filho de Jacob, dois outros painéis com cenas do episódio bíblico de Jonas o profeta com a baleia, e encimados por anjos situados sobre as portas que conduzem aos alpendres.
No vão da porta sul vêem-se dois painéis mutilados com figuras de convite em forma de soldado romano.
No ano de 1708 os painéis do transepto num total de 6568 azulejos foram encomendados pela administração do Santuário à empresa de Wilhelm Van der Kloet (1666-1747) em Amesterdão, na Holanda.
A capela-mor é coberta por abóbada redonda em pedra, e está separada do restante espaço por uma balaustrada em pau santo com colunas de mármore.
O seu piso é de embutidos de mármore de várias cores e está elevado cinco degraus, e ao fundo o retábulo barroco com colunas salomónicas de talha dourada e policromada contém o nicho com vidraça onde se venera a sagrada imagem por trás e acima do altar-mor.
A sacristia como os corredores e outras salas em torno da capela-mor estão profusamente decoradas com azulejos portugueses de inícios de setecentos, da oficina lisboeta de António Oliveira Bernardes.
Aqui são destacados os painéis da abóbada do corredor sul como a “Assunção da Virgem”, e os das paredes da sacristia com profetas.
A imponente sala tem tecto de caixotões com as armas reais no centro, e tem arcazes encimados por telas cuja temática é a “lenda da Nazaré” e tem as paredes forradas a azulejo (século XVII), e o chão de mosaico hidráulico (século XIX).
Nos arcazes está um altar com um Calvário em frente à porta, e junto ao tecto estão colocadas seis grandes telas alusivas à “Paixão de Cristo”, e deste lugar que parte a escadaria de ferro que conduz os peregrinos até junto da sagrada imagem de “Nossa Senhora da Nazaré” na capela-mor.
A Nossa Senhora da Nazaré é a denominação conferida a uma imagem esculpida em madeira com cerca de 25 cm de altura representando a Virgem Maria sentada num banco baixo a amamentar o Menino Jesus com as caras e as mãos pintadas de cor "morena".
A imagem da Nossa Senhora da Nazaré conforme a tradição oral terá sido esculpida por São José carpinteiro quando Jesus era ainda um bebé, e as caras e as mãos pintadas, décadas mais tarde por São Lucas, é venerada no Santuário de Nossa Senhora da Nazaré, no Sítio da Nazaré, em Portugal.
No interior do Santuário guarda-se a Sagrada imagem de “Nossa Senhora de Nazaré” constituída por uma Virgem Negra esculpida em madeira, e trazida de Mérida para este Sítio (no ano de 711), e a história desta imagem é contada na Lenda da Nazaré.
