O Parque Natural das Flores localiza-se na Ilha das Flores, foi criado a 23 de Março e é um dos nove Parques Naturais de Ilha que integram a Rede de Áreas Protegidas dos Açores, a ilha das Flores entrou para a Rede Mundial de Reservas da Biosfera da UNESCO em 27 de Maio de 2009.
O Parque Natural das Flores possui 9 categorias de áreas protegidas: Reserva Natural do Ilhéu de Maria Vaz, Reserva Natural do Morro Alto e Pico da Sé, Reserva Natural das Caldeiras Funda e Rasa, Monumento Natural da Rocha dos Bordões, Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Costa Nordeste, Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Ponta da Caveira, Área Protegida para a Gestão de Habitats ou Espécies da Costa Sul e Sudoeste, Área de Paisagem Protegida da Zona Central e Falésias da Costa Oeste e Área Protegida de Gestão de Recursos da Costa Norte
As Caldeiras Funda e Rasa localizada no sector sul do Planalto Central abrange cerca de 426 hectares tendo uma altitude máxima de 773 metros.
As caldeiras constituem depressões vulcânicas e o fundo de cada uma delas está ocupado por uma lagoa que,apesar de muito próximas situam-se a cotas diferentes, nomeadamente a 360 metros na Caldeira funda e 530 metros na Caldeira Rasa.
Nesta área é possível observar espécies endémicas como louro-da-terra, sanguinho, uva-da-serra, hera, zonas de turfeiras como musgão, arborizadas e cedro-do-mato.
No que diz respeito à avifauna é possível avistar as espécies alvéola, melro, garça-real, gaivota-de-patas-amarelas e tentilhão.
O seu extremo norte integra a Zona Especial de Conservação da Zona Central: Morro Alto no âmbito da Rede Natura 2000.
O Ilhéu de Maria Vaz tem uma área de cerca de 10 hectares, correspondendo ao maior da ilha, e localiza-se a pouco mais de 100 metros da costa noroeste da ilha.
Este ilhéu é particularmente revestido por vegetação endémica dos Açores como: urze, vidália, sendo visitado por um número significativo de aves marinhas como garajaus, e considerado um importante local de nidificação para as gaivotas-de-patas-amarelas.
A fim de garantir a manutenção das caraterísticas únicas do local e devido ao seu elevado interesse científico a sua visitação está interdita.
No entanto, é possível avistá-lo ao percorrer o trilho Fajã Grande a partir da Ponta Delgada ou da Grande Rota das Flores.
O Morro Alto e Pico da Sé fica localizado no Planalto Central, esta área tem cerca de 1573 hectares e inclui o Morro Alto, o ponto mais elevado da ilha a 914 metros de altitude, e as caldeiras Branca, Negra, Comprida e Seca.
Esta área é marcada pela presença da Caldeira Branca (um anel de tufos de vertentes suaves) e as crateras de explosão do tipo mar das Caldeiras Negra, Comprida e Seca que com exceção desta última têm o seu fundo ocupado por uma lagoa.
A Caldeira Negra, de vertentes rochosas e muito declivosas, está ocupada pela Lagoa Negra (ou Lagoa Funda), com uma profundidade máxima de 115 metros, a mais profunda dos Açores.
Nesta Reserva Natural ocorrem as mais variadas espécies de flora endémica dos Açores, com extensos tapetes de turfeiras, sendo também possível observar algumas aves.
O clima atlântico húmido funciona como um modelador ecológico originando a “zona dos nevoeiros” com ventos muito fortes e elevada pluviosidade surgindo as turfeiras florestadas dominadas por cedro-do-mato que constituem a maior floresta de Juniperus brevifolia dos Açores.
As turfeiras estendem-se ao longo de espessos e contínuos tapetes de musgão o que dá a esta zona alta uma fisionomia peculiar e distinta do resto da paisagem da ilha.
Esta área é local de passagem do trilho Miradouro das Lagoas como Poço do Bacalhau e integra a Zona Especial de Conservação da Zona Central: Morro Alto no âmbito da Rede Natura 2000, geossítios do Geoparque Açores, e um Sítio Ramsar ao abrigo da Convenção Ramsar.
A Zona Central e Falésias da Costa Oeste Localizada na costa oeste e na zona central da ilha, esta área possui cerca de 2565 hectares e uma altitude máxima de 768 metros e é constituída por cones vulcânicos, crateras, encostas e arribas.
Na zona do Planalto Central predominam turfeiras de Sphagnum spp. (musgão) florestadas por Juniperus brevifolia (cedro-do-mato).
A paisagem desta área é dominada pela extensa, declivosa e imponente escarpa que ladeia o lado oriental dos povoados da Fajã Grande e da Fajãzinha.
Esta arriba fóssil, com uma altitude máxima de cerca de 300 metros, separa as referidas fajãs do Planalto Central e apresenta inúmeras quedas d'''''''' água que alimentam massas de água permanentes na sua base.
Estas massas de água são localmente designadas de poços, sendo os mais conhecidos o Poço do Bacalhau e o Poço da Ribeira do Ferreiro, também designado por Lagoa das Patas e Poço da Alagoinha.
A Rocha dos Bordões é uma formação geológica caracterizada por enormes colunas de basalto, localizado no sítio denominado por Cabo Baixo das Casas, na freguesia do Mosteiro, concelho das Lajes das Flores.
O lugar é um imponente acidente geológico único do seu género nos Açores caracterizado pela solidificação da rocha basáltica em altas colunas prismáticas verticais com forma alongada.
Esta rocha teve origem numa espessa camada de basalto que arrefeceu com rapidez e por esse facto terá sido sujeita a uma disjunção prismática, ficando assim com o aspecto de um enorme conjunto de bordões feitos de pedra.
O Monumento Natural da Rocha dos Bordões está desde 2011 incluído no Parque Natural das Flores.
A Reserva Florestal de Santa Cruz das Flores localiza-se no Lugar da Fazenda, na freguesia e concelho de Santa Cruz das Flores possui uma área de 3 ha e situa-se a uma altitude de cerca de 250 m.
O objetivo de haver repovoamento e manutenção das populações de trutas das seis lagoas e oito ribeiras da ilha, foi fundado o Posto Aquícola das Flores em 1968 neste local.
Em 1984, o Eng. O Técnico Agrário Luís Paulo da Silva Camacho torna-se responsável pelo Serviço Florestal de ilha, como chefe de divisão, e empenha-se na transformação do Posto num novo conceito que pudesse agradar a toda a população.
No ano de 1989 surge a Reserva Florestal de Recreio da Fazenda de Santa Cruz que engloba não só o hectare ocupado pelo parque como toda a área circundante.
No ano de 2002 é aprovada em Conselho de Governo a designação actual como justa homenagem ao impulsionador do projecto.
Aqui é possível observar várias espécies de árvores e arbustos, e mais de 80 % são espécies introduzidas nos Açores com destaque para as plantas de origem asiática (cerca de 30 %) como camélias, hibiscos, criptoméria, hortênsia, conteira e azálea, o pau-branco, o cedro-do-mato.
A Reserva possui uma variedade de aves exóticas como galinhas, faisões, pintadas, pavões, codornizes e perus, patos e gansos, pequenas aves de gaiola.
Nas aves selvagens a destacar exemplares da avifauna açoriana (subespécies nativas) associadas a zonas arborizadas e respectivas clareiras: melro (Turdus merula azorensis), estrelinha (Regulus regulus inermis), tentilhão (Fringilla coelebs moreletti), lavandisca (Motacilla cinerea patriciae), canário-da-terra (Serinus canaria) e toutinegra (Sylvia atricapilla atlantis).
Por fim, nos tanques é possível observar trutas-arco-íris (Oncorhynchus mykiss) destinadas à reprodução e ao repovoamento dos cursos e lagoas de água doce da ilha.
